عمل الدكتور حسين ابراهيم كمدير عام للمؤسسة العامة للجيولوجيا والثروة المعدنية منذ تأسيسها عام ١٩٧٧، ثم انتقل لتأسيس الهيئة العامة للاستشعار عن بعد حيث كلف مديراً عاماً لها، وكان مشرفاً على عمل المؤسسة العامة للجيولوجيا والهيئة العامة للاستشعار عن بعد وكل مؤسسات البحث العلمي، وله الفضل الأكبر في تطور مسيرة البحث العلمي في مؤسسات الدولة كافة.